機構改革后，瑞金市醫療保障局作為新組建主管全市醫療保障工作的政府工作部門，主要職責有：一是制定我市醫療保險、生育保險、醫療救助等醫療保障制度的相關實施辦法、規劃和標準；二是建立健全醫療保障基金安全防控機制，推進醫療保障基金支付方式改革；三是統籌全市城鄉醫療保障待遇標準，建立健全與籌資水平相適應的待遇調整機制；四是貫徹執行全省統一的藥品、醫用耗材、醫療服務項目、醫療服務設施等醫保目錄和支付標準；五是制定全市定點醫藥機構協議和支付管理辦法，監督管理納入醫保范圍內的醫療服務行為和醫療費用，依法查處醫療保障領域違法違規行為；六是負責醫療保障經辦管理。